2017年5月，根与芽以北京根与芽社区青少年服务中心为名在北京市民政局正式注册。作为一个专门从事青少年环境教育的公益机构，根与芽从此进入了一个新的发展阶段。服务社会二十五年来，根与芽正在从一个传统型的环境教育机构，转变成一个为青少年实现自己的环保梦想提供支持的创新型服务组织。截止2021年8月，根与芽一共在大、中小学校中建立了844个根与芽小组，注册组员近30,000人。